Один из древнейших, самых больших и богатых монастырей Новгорода. Впервые упоминается в летописях как уже существующий в 1162 г. Первая каменная церковь Св. Духа сооружена в 1357 г.
В первой половине XIX в. храм перестраивался, а в конце XIX в. был разобран и на его месте возведен ныне существующий собор Св. Духа. В XVI в. в монастыре восстановлен общежительный устав и построена церковь Св. Троицы с трапезной палатой, сохранившаяся по сей день.
Церковь Св. Троицы — это бесстолпный трехэтажный храм с нарядным завершением фасадов, пятью глухими главами и богатым кирпичным декором. Высокохудожественный образец русской архитектуры середины XVI в. В XVI-XVII вв. Духов монастырь, наряду с Юрьевым, Антониевым и Хутынским, входил в число четырёх «больших» монастырей... Сейчас от его построек, кроме церкви Св. Троицы и собора Св. Духа с настоятельским корпусом, сохранились 3 перестроенных каменных корпуса.
Монастырь закрыт для посещения.